31 мая 2018 года Махачев М.А. был объявлен в федеральный розыск, а спустя 4 дня в международный.
6 июня 2018 года в его отношении вынесено постановление о привлечении в качестве обвиняемого по ч. 3 ст. 210 (создание преступного сообщества с использованием служебного положения и участие в нем), ч. 4 ст.159 (мошенничество в особо крупном размере), п. «а» ч. 5 ст. 290 (получение взятки организованной группой), ч. 1 ст. 292 (служебный подлог) УК РФ.
На следующий день после вынесения постановления о предъявлении обвинения Советским районным судом г. Махачкалы в отношении подозреваемого заочно избрана мера пресечения в виде заключения под стражу сроком на 2 месяца со дня его задержания.
2 августа 2018 года Махачев М.А. был задержан, ему было предъявлено обвинение в инкриминируемых преступлениях с добавлением ряда эпизодов по тем же статьям.
Советским районным судом г. Махачкалы срок содержания под стражей обвиняемому неоднократно продлевался, в последний раз 21 февраля 2019 года на 2 месяца (по 25 апреля 2019 года).
Адвокатом Махачева М.А. постановление районного суда обжаловано, однако Верховный суд республики, указав на то, что решение о продлении срока содержания под стражей принято судом первой инстанции с соблюдением требований уголовно-процессуального закона, апелляционным постановлениям от 15 марта 2019 года избранную Махачеву М.А. меру пресечения оставил в силе.